Bioinformático

Cuando trabajas con datos genómicos, es muy habitual encontrarse con archivos BED, como por ejemplo en análisis de exoma. Si quieres conocer el número total de bases detalladas en el archivo, lo puedes calcular con esta simple línea de comandos:

j=0; for i in `awk -F'\t' '{print $3-$2}' file.bed`; do let j=$j+$i; echo $j; done | tail -1

En resumen, se resta la tercera columna a la segunda, hay que tener en cuenta que el archivo BED es 0-based por lo que no hace falta restarle una posición, y se van acumulando los valores en la variable $j. Cuando acabamos de recorrer todo el fichero, seleccionamos la última línea.

Spotify es un programa con el que podrás escuchar música en streaming gratuitamente. Eso sí, tendrás que escuchar publicidad cada dos o tres canciones. Si no la quieres escuchar, ya sabes, a pagar una cuenta premium. Para poder utilizar el programa, necesitas estar registrado. Normalmente, para poder registrarte, necesitas que alguien te invite.Pero esto no es así realmente, ya que existe una página desde la que os podréis registrar sin necesidad de estar invitados.

Links que necesitáis para poder utilizar el programa:

- Crearse una cuenta sin invitación: link.

- Descargar el programa:

+ Linux con wine.

+ Windows.

+ Mac.

A disfrutarlo!

Desde el 19 de octubre mi vida ha dado un vuelco brutal. Nueva vida, nueva rutina y nuevas prioridades. El tiempo se escapa entre mis manos y no hay un segundo que perder.

Dentro de los nuevos proyectos para esta nueva vida, me he matriculado en el postgrado de Bioniformática de la UOC. Empezó el 28 de octubre, aunque yo no tuve las claves de acceso hasta el 5 de noviembre. El curso me está gustando. La primera etapa del postgrado consiste en la introducción de los conceptos básicos en biología molecular y UNIX. Los primeros no me vienen nada mal para recordar viejos estudios y los segundos me vienen más que bien para aprender las reglas básicas de los sistemas operativos más utilizados en bioinformática. Empiezo el curso con energía y, sobretodo, con ganas de aprender cosas nuevas y reorientar mi vida laboral hacia un campo que me atrae más que el laboratorio, y eso ya es decir mucho.

La mayor pega de trabajar con Linux es que muchos programas sólo están programados para Windows y Mac. Para aumentar la disponibilidad de programas y que no veas mermadas tus posibilidades en lo que a programas se refiere, puede utilizar wine. Algunos programas que ejecuto desde Wine: Spotify, iTunes y Photoshop.

Lo malo de este programas es que las interfaces son bastante feas y las letras no vienen suavizadas, cosa que no resulta nada bonito y estético. Para suavizar las fuentes, un usuario de Ubuntu ha desarrollado un script para mejorar el aspecto.

Lo primero que tienes que hacer es descargarte el script.

wget http://victorpimentel.com/stuff/winefontssmoothing_en.sh

Después, ejecutar el siguiente comando.

bash winefontssmoothing_en.sh

El programa te ofrece 4 opciones. Yo he elegido la opción 3.Subpixel smoothing (ClearType) RGB.

Fuente | Genbeta

Empiezo este blog con ganas de pasármelo bien y aprender un poco cada día. Su finalidad es compartir las cosas que voy haciendo y aprendiendo. De un tiempo a esta parte, y poco a poco, he ido aprendiendo un poco de PHP y CSS gracias a las modificaciones de los scripts WordPress y Joomla. Así, me gustaría compartir las cosas que voy aprendiendo de estos gestores de contenido. Además, poco a poco, iré añadiendo también información de lo que voy aprendiendo de bioinformática. Por otra parte, también me gustaría comentar algunas noticias relacionadas con las últimas investigaciones bioquñimicas, así como esos procesos que me parecen realmente increíbles y que ocurren en la biología. Como veis, una mezcla entre bioquímica e informática, mis dos aficiones y pasiones. Os espero por aquí.

Salud!