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Páginas de ayuda para análisis de datos de NGS

A la hora de empezar a analizar cualquier tipo de datos, el primer paso siempre debe ser empezar buscando qué han hecho aquellas personas que se han visto en la misma situación que tú. Para ello, puede recurrir a la bibliografía y a foros especializados. Cuando se trata de biología molecular, casi todo está ya descrito. En muchas ocasiones al realizar análisis de datos de las plataformas de Ultrasecuenciación o Next Generation Sequencing (NGS) la cosa se puede complicar. La mayoría del software utilizado en este tipo de análisis suelen estar creados con licencia open source. Con el tiempo estos programas se han ido perfeccionando y cada vez es menor el número de errores que dan. Pero, como todo es tan nuevo, quizás encuentres algún error que no esté descrito. ¿Qué puedes hacer ante esta situación? La página Seqanswers es la que mejor soluciones facilita en este tipo de análisis. Está dividida en varias secciones. Podrás encontrar desde un foro donde realizar consultas, organizado por plataforma de secuenciación y diferentes tipos de consultas y encontrar las soluciones que estás buscando, hasta una wiki con los conceptos más importantes. Y, una de las mejores secciones, todos los programas que se utilizan para analizar este tipo de datos. Esta sin duda es la página más completa. Como segunda opción siempre tienes que tener en cuenta a Biostar. Aunque en lo que respecta a programas y conceptos no es tan completa, siempre puedes encontrar soluciones para aquellos scripts que tengas que hacer. También es muy aconsejable para encontrar herramientas web, como pueden ser las bases de datos, y cómo sacarle el mayor rendimiento. Y, gracias a que la mayoría de las herramientas suelen estar creadas por gente que trabaja en instituciones públicas, no dudes nunca en escribirles personalmente a los autores, generalmente la respuesta suele ser rápida y concisa.

Aunque el mundo de la investigación es muy competitivo, la gente suele colaborar mucho para resolver cuestiones tanto de software como problemas conceptuales  en este tipo de secuenciación. Esta es una de las grandes ventajas de que todo sea nuevo. La gran desventaja es que no todo está descrito y siempre te encontrarás problemas nuevos y errores que te costarán resolver. Esa es una de las razones por las que me gusta este trabajo.

Fuentes: Foto

Jorge

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