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Biocoders: Introducing the bioinformatics scriptome

24 may

biocoders

Poco a poco van surgiendo más portales donde compartir problemas y código. Últimamente se está haciendo popular Biocoders. Es una muy buena idea y una herramienta para conocer gente que esté trabajando en lo mismo que tú. Podemos encontrar todo tipo de información como ofertas de trabajo y trabajar en diferentes grupos como BioPerl, BioPython, Bioconductor, etc. Además puede ser una plataforma donde lanzar cursos y congresos, ya que facilita un formulario para publicar eventos. En resumen, es una comunidad donde poder hacer contactos y donde puedes compartir código y dificultades a la hora de analizar tus datos. Estas iniciativas son las que hacen que la ciencia abandone, en algunos aspectos, esa competencia tan feroz a la que se ve sometida por la escasez de recursos y tanto se caracteriza. Esperemos que dure y se desarrolle completamente.

Imágenes y vídeos para entender la biología

3 may

Gracias a Twitter estoy descubriendo proyectos y recursos realmente interesantes. Me gustaría compartir dos que me han llamado la atención:

La primera es cellimagelibrary.org (via @digitalbio). Es un archivo de imágenes y vídeos de componentes celulares y células en diferentes estados y de diferentes organismos. La galería está organizada por tipo, proceso, componente celular o por organismo. Hay imágenes impresionantes. A mi personalmente estas imágenes me impresionan siempre. Es de libre acceso y si quieres colaborar, siempre serás bienvenid@.

La otra es Scientific Visualitation Unit (via @yokofakun). Nace con una finalidad muy clara: “If we can ask new questions, then new answers can be found”. Su forma de trabajo es a la vez educativa y original. Para realizar su trabajo, intentan crear material audiovisual atractivo y educativo, gracias a un grupo de trabajo interdisciplinar, ciñiéndose lo máximo a los datos demostrados experimentalmente. Para, así, entender mejor los procesos biológicos y plantear nuevas preguntas que expliquen la biología. Hay vídeos realmente sorprendentes, como por ejemplo:

PROTEIN EXPRESSIONS – Study N 3 from Scientific Visualization Unit on Vimeo.

Mi aportación a #cientificosmendigando

15 abr

Aunque no tengo mucho tiempo para actualizar el blog, sí que tengo tiempo para participar en movimientos tan necesarios como #científicosmendigando. Aquí mi aportación:

Mi caso es el caso de una de las miles de personas que les gusta la ciencia y sufren las consecuencias. Desde que acabé la carrera de bioquimica, he pasado por multitud de trabajos. El primero que tuve fue en un buen laboratorio con una beca FPI. Aguanté un año y medio. Decidí irme porque la media de años realizando la tesis era superior a 7 y me parecía exagerado estar en una situación tan precaria durante tanto tiempo y de forma injustificada. Rápidamente encontré otra beca, esta vez asociada a un proyecto FIS. Para los que no estéis familiarizados con este tipo de becas, las becas asociadas a proyectos son las becas de segunda división, aquellas que no tenían contrato. En mi caso estaba gestionada por una fundación, por lo que era un poco más precaria. En todo este tiempo no coticé ni un día y pagué mis impuestos como cualquier trabajador con plenos derechos. A parte, tuve que pagarme los cursos de doctorado y el DEA de mi bolsillo (unos 1500 €). Con esta beca hice mi doctorado. Entre las dos becas, fueron 5 años de becario. Una vez se me acabó la segunda beca, decidí que ya estaba bien de no cotizar, quería ser un trabajador con todos los derechos. Las perspectivas eran encontrar alguna beca postdoctoral o un contrato de técnico de laboratorio cobrando como tal y haciendo trabajo de doctor. Amo la ciencia, pero tenía que pensar en mi futuro y en mi saludo mental.

Empecé a buscar trabajo. Primero lo empecé a buscar acorde con mis estudios. Nada, demasiada formación. Me había pasado cinco años especializándome en algo sin futuro profesional real en nuestro país, por supuesto en el sector privado. Necesito cobrar todos los meses, como la gran mayoría, así que empecé a quitar títulos de mi currículum para facilitar la búsqueda. Después de cuatro meses de paro sin cobrar, por supuesto, busqué trabajo de cualquier cosa. Como aún no había llegado la crisis, era fácil encontrar trabajo de cualquier cosa. Trabajé poniendo tornillos en una fábrica de coches, cargando cajas de mantequilla y empapelando puertas. Un trabajo muy digno, pero muy duro, sobretodo físicamente. A los meses, encontré trabajo en una empresa de Internet. Era un trabajo estable así que lo aproveché para estudiar por las noches y formarme más aún. Había que especializarse mucho más. Estudié un posgrado de bioinformática. A los pocos meses, encontré trabajo de bioinformático y es lo que me da de comer en estos momentos. Estoy contento, pero he vuelto al mundo de la ciencia y a su inestable futuro. Como veis, mi caso es el caso de una de las miles de personas que les gusta la ciencia y sufren las consecuencias.

ólo me gustaría hacer un apunte más. Gracias a la ley que se acaban de aprobar para retrasar la edad de jubilación, casi seguro que no cobro el 100% de la pensión cuando me jubile. No me salen las cuentas. Algunos datos para hacer los cálculos. Acabé la carrera a los 23.5 años. Al acabar la carrera estuve sin trabajar 4 meses (0.3 años). Estuve 5 años de becario sin cotizar ni un día. Después de hacer el doctorado, estuve 4 meses en paro. A partir de ese momento, afortunadamente, no he tocado el paro. Para cobrar el 100% de la pensión, tendremos que haber cotizado 37.5 años.

Es decir, en el momento que deje de trabajar 0.4 años (5 meses aproximadamente) antes de los 67, ya no cobraré el 100% de la pensión. Y eso que no he parado de trabajar desde que acabé la carrera. Está claro que estudiar está penalizado en este país. ¿Quién dijo cambio de modelo productivo? Pero la verdad es que todo esto no me preocupa, porque cuando sea mi turno de jubilarme, o bien no nos jubilaremos a los 67, o bien no habrá pensión para todos.

Vídeo exposición Nanoconfluencias (noviembre 2008)

12 ene

Hace un año de la clausura de la exposición de nanoarte “Nanoconfluencias: miradas artísticas hacia lo inmensamente pequeño”, organizado por los piratas de la ciencia. Queremos festejar este aniversario con la publicación en este blog del video que tomaron Bárbaro Mirayes y Salomé Cuesta. Un abrazo a ambos.

Vía | Nanoconexiones

Manifiesto: En defensa de los derechos fundamentales en Internet

2 dic

Me uno al manifiesto por los derechos fundamentales en Internet. Por la libertad en la red y por la nuestra.

Ante la inclusión en el Anteproyecto de Ley de Economía sostenible de modificaciones legislativas que afectan al libre ejercicio de las libertades de expresión, información y el derecho de acceso a la cultura a través de Internet, los periodistas, bloggers, usuarios, profesionales y creadores de internet manifestamos nuestra firme oposición al proyecto, y declaramos que…

1.- Los derechos de autor no pueden situarse por encima de los derechos fundamentales de los ciudadanos, como el derecho a la privacidad, a la seguridad, a la presunción de inocencia, a la tutela judicial efectiva y a la libertad de expresión.

2.- La suspensión de derechos fundamentales es y debe seguir siendo competencia exclusiva del poder judicial. Ni un cierre sin sentencia. Este anteproyecto, en contra de lo establecido en el artículo 20.5 de la Constitución, pone en manos de un órgano no judicial -un organismo dependiente del ministerio de Cultura-, la potestad de impedir a los ciudadanos españoles el acceso a cualquier página web.

3.- La nueva legislación creará inseguridad jurídica en todo el sector tecnológico español, perjudicando uno de los pocos campos de desarrollo y futuro de nuestra economía, entorpeciendo la creación de empresas, introduciendo trabas a la libre competencia y ralentizando su proyección internacional.

4.- La nueva legislación propuesta amenaza a los nuevos creadores y entorpece la creación cultural. Con Internet y los sucesivos avances tecnológicos se ha democratizado extraordinariamente la creación y emisión de contenidos de todo tipo, que ya no provienen prevalentemente de las industrias culturales tradicionales, sino de multitud de fuentes diferentes.

5.- Los autores, como todos los trabajadores, tienen derecho a vivir de su trabajo con nuevas ideas creativas, modelos de negocio y actividades asociadas a sus creaciones. Intentar sostener con cambios legislativos a una industria obsoleta que no sabe adaptarse a este nuevo entorno no es ni justo ni realista. Si su modelo de negocio se basaba en el control de las copias de las obras y en Internet no es posible sin vulnerar derechos fundamentales, deberían buscar otro modelo.

6.- Consideramos que las industrias culturales necesitan para sobrevivir alternativas modernas, eficaces, creíbles y asequibles y que se adecuen a los nuevos usos sociales, en lugar de limitaciones tan desproporcionadas como ineficaces para el fin que dicen perseguir.

7.- Internet debe funcionar de forma libre y sin interferencias políticas auspiciadas por sectores que pretenden perpetuar obsoletos modelos de negocio e imposibilitar que el saber humano siga siendo libre.

8.- Exigimos que el Gobierno garantice por ley la neutralidad de la Red en España, ante cualquier presión que pueda producirse, como marco para el desarrollo de una economía sostenible y realista de cara al futuro.

9.- Proponemos una verdadera reforma del derecho de propiedad intelectual orientada a su fin: devolver a la sociedad el conocimiento, promover el dominio público y limitar los abusos de las entidades gestoras.

10.- En democracia las leyes y sus modificaciones deben aprobarse tras el oportuno debate público y habiendo consultado previamente a todas las partes implicadas. No es de recibo que se realicen cambios legislativos que afectan a derechos fundamentales en una ley no orgánica y que versa sobre otra materia.

Este manifiesto, elaborado de forma conjunta por varios autores, es de todos y de ninguno. Si quieres sumarte a él, difúndelo por Internet.

Registro en Spotify sin invitación

29 nov

Spotify es un programa con el que podrás escuchar música en streaming gratuitamente. Eso sí, tendrás que escuchar publicidad cada dos o tres canciones. Si no la quieres escuchar, ya sabes, a pagar una cuenta premium. Para poder utilizar el programa, necesitas estar registrado. Normalmente, para poder registrarte, necesitas que alguien te invite.Pero esto no es así realmente, ya que existe una página desde la que os podréis registrar sin necesidad de estar invitados.

Links que necesitáis para poder utilizar el programa:

- Crearse una cuenta sin invitación: link.

- Descargar el programa:

+ Linux con wine.

+ Windows.

+ Mac.

A disfrutarlo!

Un mes en el postgrado de Bioinformática de la UOC

24 nov

Desde el 19 de octubre mi vida ha dado un vuelco brutal. Nueva vida, nueva rutina y nuevas prioridades. El tiempo se escapa entre mis manos y no hay un segundo que perder.

logouoc

Dentro de los nuevos proyectos para esta nueva vida, me he matriculado en el postgrado de Bioniformática de la UOC. Empezó el 28 de octubre, aunque yo no tuve las claves de acceso hasta el 5 de noviembre. El curso me está gustando. La primera etapa del postgrado consiste en la introducción de los conceptos básicos en biología molecular y UNIX. Los primeros no me vienen nada mal para recordar viejos estudios y los segundos me vienen más que bien para aprender las reglas básicas de los sistemas operativos más utilizados en bioinformática. Empiezo el curso con energía y, sobretodo, con ganas de aprender cosas nuevas y reorientar mi vida laboral hacia un campo que me atrae más que el laboratorio, y eso ya es decir mucho.

Me paso al lado oscuro de los enlaces

16 oct

dofollow

Acabo de instalar el plugin Dofollow. Este plugin elimina la etiqueta “nofollow”. ¿Que qué significa esto? Pues que todo aquel que comente en el blog tendrá un enlace hacia su blog o página por el que se irá Google y, seguramente, mejore su posicionamiento. Nunca me ha gustado que me digan lo que tengo que hacer. Un enlace es un enlace. Un comentario es un comentario. Ya me ocuparé yo de evitar el spam.

Blog Action Day contra el cambio climático

15 oct

Me uno también a la acción de Blog Action Day contra el cambio climático. Y me uno intentano cambiar algunos hábitos de mi vida que aplicados a escala munidal, seguro que nos ayudarían a contaminar menos y cuidar un poco más nuestro entorno:

- Coger el coche sólo cuando sea necesario, utilizando el transporte público cuando no se pueda ir andando.

- Reciclar lo máximo posible.

- Minimizar el consumo eléctrico doméstico.

Creo que estas tres medidas son fundamentales y necesarias. Hay que concienciarse que cada pequeño gesto de cada individuo puede no empeorar la salud de nuestro Planeta.

Suavizar las fuentes en wine

14 oct

wine

La mayor pega de trabajar con Linux es que muchos programas sólo están programados para Windows y Mac. Para aumentar la disponibilidad de programas y que no veas mermadas tus posibilidades en lo que a programas se refiere, puede utilizar wine. Algunos programas que ejecuto desde Wine: Spotify, iTunes y Photoshop.

Lo malo de este programas es que las interfaces son bastante feas y las letras no vienen suavizadas, cosa que no resulta nada bonito y estético. Para suavizar las fuentes, un usuario de Ubuntu ha desarrollado un script para mejorar el aspecto.

Lo primero que tienes que hacer es descargarte el script.

wget http://victorpimentel.com/stuff/winefontssmoothing_en.sh

Después, ejecutar el siguiente comando.

bash winefontssmoothing_en.sh

El programa te ofrece 4 opciones. Yo he elegido la opción 3.Subpixel smoothing (ClearType) RGB.

Fuente | Genbeta